ご回答ありがとうございました！
お陰様で、「ドキュメント設定」、「PDF書き出しプリセット」、「プリント設定」の違いがわかりました！
つまり・・・、
- ドキュメント設定・・・最終印刷物自体の寸法などの設定。裁ち落としの設定もできる。
- PDF書き出しプリセット・・・PDF化した場合に、どのようなPDFにするか（画質やフォントなど）の設定。ここで裁ち落としの設定をすることもできるし、「ドキュメントの裁ち落とし設定を 使用」にチェックを入れて、「ドキュメント設定」で設定した裁ち落としの値を利用することもできる。
- プリント設定・・・職場や自宅などで紙に直接印刷するための設定値。印刷所にPDFデータで入稿する場合は関係ないので無視してOK。
また、各設定に優先順位があるのかと思っていたのですが、上記の通り、用途によって使い分ける形なので優先順位はない。
・・・ということですね。
また、補足のAcrobatでの確認方法もご教示いただけましてありがとうございました！
今までmacの「プレビュー」機能でPDFの確認をしていたので、PDF化した後でもトンボや裁ち落としの設定が確認・変更できるソフトがあるとは存じあげませんでした。
早速Acrobatをダウンロードして、確認したところ、無事裁ち落としの設定が反映されているのが確認できました！
最後までご丁寧にお付き合い頂きまして、どうもありがとうございました！
お陰様で無事入稿できそうです！
本当に助かりました。